Музей находился на реконструкции с конца 1980-х годов. В 2008 году работы возобновились, но неоднократно приостанавливались из-за отсутствия финансирования. В 2017 году в рамках соглашения между
Министерством культуры РФ и правительством республики на проведение реконструкции
Национального музея было выделено 97,83 млн рублей, в том числе из республиканского бюджета 7,83 млн рублей. В настоящее время работы по реконструкции музея вошли в завершающую стадию.