Этот музей был основан в 1985 году как филиал Ярославского историко-архитектурного музея-заповедника. С 1998 года он является самостоятельным музеем истории Ярославля с XI по XX века. Музей располагается в здании бывшей усадьбы купца Кузнецова. Экспозиция включает в себя около 11000 единиц археологических материалов XIII–XV веков, ювелирные издания художника-ювелира Нужина, а также предметы XIX-ХХ веков, связанные с развитием медицины и аптечного дела в городе.